Urodził się 4 stycznia 1932 r. w Cichawie (gmina Gdów w powiecie wielickim), a zmarł 22 marca 2001 w Makowie Podhalańskim.

W 1956 roku przyjął święcenia kapłańskie. W ciągu trzynastu lat kapłaństwa posługiwał jako wikariusz na terenie ośmiu miejscowości: Rabka, Poronin, Bielsko-Biała, Kozy, Chrzanów, Skawina, Nowy Targ, Grabie. W 1969 roku rozpoczął pracę w Babicach, gdzie od 1973 roku realizował misję budowy kościoła w przynależącym do tej parafii Zagórzu. W październiku 1981 roku został przeniesiony na stanowisko wikariusza ekonoma pełniącego obowiązki administratora parafii w Krakowie-Bieżanowie Starym. Publicznie krytykował działania władz i nie stosował się do rozporządzeń ograniczających pracę duszpasterską z młodzieżą czy rozwój budownictwa sakralnego. Terenowa administracja państwowa żądała m.in. odebrania mu prawa nauczania religii, naciskała na usunięcie z Nowego Targu, z Krakowa i nie wyrażała zgody na mianowanie proboszczem. Z uwagi na działalność i postawę był szykanowany i represjonowany przez SB. Jego życie było realnie zagrożone. Najbardziej spektakularnym przykładem jego działalności był protest głodowy na terenie bieżanowskiej parafii w 1985 roku. Kapłan odpowiedając na prośbę Anny Walentynowicz, wyrażoną w imieniu inicjatorów protestu przeciw represjom wobec działaczy „Solidarności” i szkalowaniu księży, udostępnił pomieszczenia i wspomógł organizatorów akcji. W półrocznej głodówce rotacyjnej uczestniczyło ponad 370 osób z około 65 miejscowości. W lutym 1986 roku ks. Chojnacki został przeniesiony do Juszczyna niedaleko Makowa Podhalańskiego. Usunięcie kapłana z Krakowa dało skutek odwrotny od oczekiwanego przez władze, które naciskały na kurię w tej sprawie. Na peryferyjnej parafii ks. Chojnacki kontynuował działalność religijno-patriotyczną, przyciągając tam środowiska niepodległościowe. W jego wiejskiej parafii pojawiła się m.in. Anna Walentynowicz, Leszek Moczulski, a nawet delegacja związków zawodowych z Francji. Pod wpływem ks. Chojnackiego zmieniała się świadomość i postawa mieszkańców wioski i okolic. Mawiał, że czuł się zobowiązany do walki o polskość. Ochraniał pamięć i tożsamość narodową, przywracał szacunek dla przeszłości i dla obrońców ojczyzny. Publicznie mówił o fałszowanych przez komunistów wydarzeniach z historii Polski. Przekazywał prawdę m.in. o wojnie polsko-bolszewickiej, agresji sowieckiej na Polskę, wywózkach na Syberię, zbrodni katyńskiej, żołnierzach powojennego podziemia niepodległościowego, Czerwcu ’56, Marcu ’68, Grudniu ’70, zabójstwie ks. Jerzego Popiełuszki, niewyjaśnionych zgonach kapłanów związanych ze środowiskami opozycyjno-niepodległościowymi. W 1993 roku zrezygnował z probostwa w Juszczynie i podjął pracę wśród Polaków w Rumunii oraz na Ukrainie. W 1997 roku wrócił do kraju z uwagi na pogarszający się stan zdrowia. Zamieszkał w Domu Księży Emerytów w Makowie Podhalańskim i tam przebywał do śmierci. Pochowany został w Juszczynie. W 2007 roku pośmiertnie otrzymał Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski.