Urodził się w 1963 roku w m. Wrocław

Działalność opozycyjną rozpoczął w trakcie studiów na Politechnice Wrocławskiej. W 1984 roku współtworzył Centrum Informacyjne „Solidarności” Dolnego Śląska. Centrum to zajmowało się zbieraniem oraz wymianą informacji dotyczących funkcjonowania struktur opozycyjnych na terenie całego kraju, kierował nim do roku 1989. Rafał Jerzy Pestkowski koordynował pracę łączników oraz kolportaż podziemnej prasy i wydawnictw bezdebitowych, a także gromadzenie i przechowywanie tych materiałów. W ramach ww. działalności współpracował m.in. z Regionalnym Komitetem Strajkowym oraz z „Solidarnością Walczącą”. W roku 2019 na podstawie postanowienia Prezydenta RP – nr 146/2019 – nadano mu Krzyż Wolności i Solidarności.