Urodził się 2 stycznia 1948 roku w Łańcucie.

Był zatrudniony jako lekarz w Śląskiej Akademii Medycznej w Katowicach. W grudniu 1980 roku wszedł w skład prezydium Komisji Zakładowej NSZZ „Solidarność” na ww. uczelni. Po wprowadzeniu stanu wojennego należał do nieformalnej grupy byłych aktywistów związkowych. Działał w tajnej Krajowej Komisji Koordynacyjnej Służby Zdrowia. W latach 1982 – 1987 był członkiem Biskupiego Komitetu Pomocy Więzionym i Internowanym w Katowicach. W jej ramach prowadził zagrożoną odpowiedzialnością karną działalność, polegającą na organizowaniu pomocy medycznej osobom internowanym, represjonowanym oraz ich rodzinom, ponadto był zaangażowany w kolportaż prasy podziemnej, w tym prasy „Solidarności Walczącej”. Z uwagi na swoją aktywność w powyższych strukturach, Marek Rudnicki miał wielokrotnie zastrzegane wyjazdy zagraniczne, co uniemożliwiało mu rozwój kariery zawodowej. W 1989 roku wyjechał na stałe do Stanów Zjednoczonych.